根據我國《刑事訴訟法》第四十八條規定，可用于證明案件事實的材料，都是證據，因此包括物證、書證、證人證言、鑒定意見、視聽資料等八種可能存在客觀事實疑難的情形。以上八種可以證明案件事實的證明材料既反映案件的客觀事實，又同時具有法律屬性；可能同時存疑，也可能部分存疑。該種存疑的情形都屬于客觀事實疑難的范疇，司法審判正是在已有的客觀事實基礎上先進行事實判斷，進而進行價值判斷。哪種事實存疑達到不能認定嫌疑人有罪的程度，以及哪種客觀事實存疑但法律事實清楚可以認定為有罪，正是事實疑難最值得研究和探討的問題。我國尚未出臺專門的刑事訴訟證據規則，現有法律和司法解釋中有關刑事訴訟證據規則的規定及條文有的僅做了原則性的規定，有的則不涉及審判環節，對于刑事疑難案件適用“罪疑從無”“疑罪從輕”的原則缺乏可操作性。

公、檢、法三階段中事實疑難的法理分析

首先，避免客觀事實疑難的重點在于偵查階段，因為該階段主要考察犯罪嫌疑人是否有罪存疑的情形，由公安機關搜集嫌疑人有罪或者無罪的所有客觀事實，辦案人員側重于事實判斷而非價值判斷。因此，偵查階段是杜絕刑事錯案至關重要的環節，如果事實判斷有誤，后續的起訴、審判便成了無源之水。當下，錄音、錄像的留證、取證已經不再困難，應逐漸將錄音、錄像資料與起訴、送審緊密結合起來。根據《公安機關現場執法視音頻記錄工作規定》第十九條：對應當進行現場記錄的執法活動未予記錄，影響案件處理或者造成其他不良影響的；剪接、刪改、損毀、丟失現場執法視、音頻資料的情形，應當追究相關單位和人員的責任。

從法理的角度來講，對于規定應有錄音、錄像的執法活動，公安機關卻提供不出的情形，因被告不同，處理原則可以分為四種：第一，以公安機關為被告的案件中，舉證責任在公安機關。執法過程明令要求有錄音、錄像資料，如果公安機關不能提供，或者視、音頻資料非人為（有證據證明非辦案人員主觀故意）被損毀，皆應由公安機關及相關辦事人員承擔不利后果；第二，以普通公民為被告的刑事案件中，程序規定公安機關應當錄音、錄像，但關鍵證據（例如嫌疑人認罪的審訊過程、執法過程的視、音頻）缺失，無論辦案人員是否存在主觀故意的情形，在偵查階段不得認定嫌疑人有罪；第三，程序規定應由公安機關提供視、音頻資料時，提供的資料經過刪改和剪輯，或人為損毀，存在主觀故意的情形，應當追究相關辦事人員的法律責任；第四，非程序規定由公安機關或其他行政機關提供視、音頻資料（例如小區錄像、道路監控錄像），如果視、音頻缺失，則參考是否存在其他客觀事實疑難的情形（缺乏人證、司法鑒定結論為不確定等），如果多種事實疑難同時存疑，搜集的證明材料無法明確指向犯罪嫌疑人，則無法判斷嫌疑人有罪。

其次，對檢察起訴階段的案件事實疑難，我國的檢察院刑事訴訟規則從兩個維度進行了約束。第一個維度要求證據確實充分，應達到指控的犯罪事實都有相應的證據予以證明，且證據之間、證據與案件事實之間不存在矛盾，足以排除非被告人作案的可能性。根據《人民檢察院刑事訴訟規則》第六十三條的規定，人民檢察院偵查終結或者提起公訴的案件，證據應當確實、充分。第一，要求定罪量刑的事實都有證據證明，根據客觀事實疑難的程度不同，檢察院需要作出補充偵查或者“不起訴決定”。值得注意的是，“不起訴決定”是檢察院根據客觀事實作出的價值判斷，分為證據不足不起訴和無犯罪事實不起訴兩種情形，后者查無犯罪事實應當作出無罪釋放的決定才是對嫌疑人名譽的保護，同時可以避免超期羈押對人權的侵害。第二，據以定案的證據均需經法定程序查證屬實，此處的重點應當有二：一是據以定案的證據是否系經法定程序搜集的，二是經過法定程序搜集的證據是否已經查證屬實。不可忽略法定程序的重要，對于違反法定程序（包括刑訊逼供）搜集的證據，應當采取“非法證據排除”規則；第三，要求綜合全案證據，對所認定事實已排除合理懷疑，雖然法規并未對達到“合理懷疑”的具體內容進行界定，這里的排除合理懷疑應是指排除客觀事實疑難。

第二個維度，從《人民檢察院刑事訴訟規則》第三百九十條的內容來看，對達不到“合理懷疑”程度的客觀事實如何界定作出了參考，其中規定可以確定犯罪事實已經查清的情形有四種，包含了部分客觀事實存疑的情形，可理解為：法律事實已經查清，部分不影響定罪量刑的客觀事實未查清時，可以確定為犯罪事實已經查清，符合提起公訴的條件。

再次，司法審判階段是從考察法律事實疑難到客觀事實疑難的倒推，最后考察法律疑難。法律事實疑難不同于法律疑難，前者屬于事實疑難的范疇，后者主要考察法律的解釋與適用。在美國，法官和審判陪審團有嚴格的分工，“審判陪審團”一般由隨機抽取的12名普通公民組成，主要負責對案件事實加以裁定，法官則負責具體的法律適用。在我國，案件事實與法律適用都由法官一人審理。因此，美國乃至西方具備完善的陪審團制度的國家，通常將疑難案件理論的研究側重于法律疑難；然則，在我國，人民陪審員對個案的形式作用大于實質作用，檢察院的審查也難以完全避免事實存疑的情形，案件事實與法律適用最終都由法官裁判，排除事實疑難與排除法律疑難在我國的司法審判階段都同樣重要。

在審判階段，事實疑難與法律疑難有可能同時存在，此時法官應首先通過真實性、合法性、關聯性的考察排除事實疑難，從實質上的法律事實疑難（法律事實上是否有罪）到客觀事實疑難（客觀事實是否清楚有罪）進行倒推。值得注意的是，司法審判階段考察的法律事實疑難既包括形式（是否有新罪、是否有漏罪、此罪與彼罪等）也考察實質（法律事實上是否有罪），有別于檢察起訴階段著重考察形式上的法律事實疑難。從刑事疑難案件的解決原則來看，實質上的法律事實疑難以及達到“合理懷疑”程度的客觀事實疑難屬于罪疑（是否有罪存疑）的范疇，應適用“罪疑從無”。未達到“合理懷疑”程度的客觀事實疑難，應適用“疑罪從輕”。