孫中山以革命生死觀鼓勵革命軍人的勇氣，我死則中華民國生；揚不怕犧牲的精神，實現人之不死的價值。“精神者，革命成功之證劵及擔保也。”他強調精神的作用與功能，精神是革命成功的決定因素，物質武器是次要因素。但無一定的物質基礎，光有革命精神也不能成功。物質與精神必相輔為用。

孫中山在西方文化的熏陶中接受了其自然科學思想，如生物進化論、細胞學說及星云說等，結合中國傳統公羊“三世說”，將宇宙的進化分為三個時期：物質進化期、物種進化期、人類進化期。關于物質進化時期，他說：“元元之時，太極（此用以譯西名“以太”也）動而生電子，電子凝而成元素，元素合而成物質，物質聚而成地球，此世界進化之第一時期也。今太空諸天體多尚在此期進化之中，而物質之進化，以成地球為目的。”他用《周易·系辭傳》中的“易有太極”這一中國傳統哲學概念來釋義西方自然科學中的“以太”。在譚嗣同哲學理論思維邏輯結構中，“以太”是作為“寂然不動”、“一而不二”的“仁”的“所以通之具”，即托言以太的溝通一切的、最精微的、中介性的特性，把自然界與人類社會統攝起來。孫中山與譚嗣同的區別在于，以太不是作為所以通的工具，而是作為所以然的太極本身，賦太極以形而上性。由太極（以太）的運動而生電子，電子凝聚而成元素，元素聚合而成物質，物質匯聚而成地球，這便是物質進化的過程，并認為當今太空中的眾多天體還在此進化之中。

孫中山認為，自達爾文的《物種起源》一書出版以后，使進化之學大放光明，他亦依歸于進化，并以太極（以太）為其哲學理論基礎，由物質進化而進入物種進化時期。他說：“由生元之始生而至于成人，則為第二期之進化。物種由微而顯，由簡而繁，本物競天擇之原則，經幾許優勝劣敗，生存淘汰，新陳代謝，千百萬年，而人類乃成。”所謂“生元”，即元始的生命，孫中山解釋為細胞。他說：“據最近科學家所考得者，則造成人類及動植物者，乃生物之元子為之也。生物之元子，學者多譯之為細胞，而作者今特創名之曰生元。”即取生物元始之意。由生元而進化到人，按照物競天擇的進化原則，經漫長的優勝劣汰、新陳代謝過程，物種由微到顯、由簡到繁的演變過程，最終而成人類。

對于人類進化，孫中山認為，人類初出之時，與禽獸沒有什么區別，“再經幾許萬年之進化，而始長成人性，而人類之進化，于是乎起源。此期之進化原則，則與物種之進化原則不同，物種以競爭為原則，人類則以互助為原則。社會國家者，互助之體也；道德仁義者，互助之用也。人類順此原則則昌，不順此原則則亡。此原則行之于人類當已數十萬年矣。然而人類今日猶未能盡守此原則者，則以人類本從物種而來，其入于第三期之進化，為時尚淺”。人類進化與物種進化最大的區別，就在于一以互助為原則，一以競爭為原則。以互助為原則的人類社會，社會國家是互助的根本本體，道德仁義是互助的作用、表現。國家順互助原則就昌盛，逆此原則就滅亡。

由物種而進人類，轉競爭為互助，才能建構文明和合社會。人類進化之目的，孫中山認為：“即孔子所謂大道之行也，天下為公。耶蘇所謂爾旨得成，在地若天。此人類所希望，化現在之痛苦世界而為極樂之天堂者是也。”他把孔子和耶穌融突一起，說明人類普遍希望價值理想世界是一個化痛苦為極樂、轉塵世為天堂的世界。

從物質進化——物種進化——人類進化的演變，進化的原則也隨之而變化。人類進化之所以以互助為原則，而非以物種進化的競爭為原則，是因為人是有人性、有智慧、有道德的人，而非禽獸。然而一些學者未能與時偕行，仍以物種進化的物競天擇為原則來觀察社會，“而學者多以仁義道德，皆屬虛無，而爭競生存，乃為實際，幾欲以物種之原則而施之于人類之進化，而不知此為人類已過之階段，而人類今日之進化，已超出物種原則之上矣”。人的思想觀念，換言之“精神”，往往落后于進化，由此可以得知“行之非艱”而“知之惟艱”。精神的智慧既度越物質，而又支配物質。雖然精神與物質可相輔為用，但精神并非專恃物質，而可獨立存在，這就凸顯了精神在孫中山哲學理論思維邏輯中的主導地位。之所以強調、突出精神的作用和價值，是其軍事實力、群眾基礎與其革命目標之間的沖突所致。孫中山并沒有多少軍事實力，又無廣大群眾基礎，而只得求助于革命精神，發揚主體戰斗精神，以實現其革命目標。